Paket Lengkap Sidik Jari Interaksi Protein-Ligan Ansambel Pada Konstruksi Dan Validasi Protokol Penapisan Virtual Bertargetkan Reseptor Kemokine C-X-C Tipe 4
Abstrak: Protokol Penapisan Virtual Berbasis Struktur (PVBS) bertargetkan reseptor kemokine C-X-C tipe 4 (CXCR4) telah dikonstruksi dengan memakai PLANTS 1.2 untuk penambatan molekuler dan PyPLIF 0.1.1 untuk identifi kasi Sidik jari Interaksi Protein-Ligan (SIPL). Penggunaan skor ChemPLP bawaan PLANTS 1.2 dan nilai Tc-PLIF bawaan dari PyPLIF 0.1.1 untuk menentukan pose terbaik dalam PVBS retrospektif menawarkan nilai Faktor Pengayaan (FP) di bawah nilai FP rujukan (17,5). Meskipun demikian, dalam PVBS retrospektif juga dihasilkan SIPL untuk masing-masing pose hasil penambatan molekuler. Dalam penelitian yang dipaparkan dalam artikel ini, diujicobakan analisis Hubungan Kuantitatif Struktur-Aktivitas (HKSA) biner dengan prediktor gres yakni SIPL ansambel hasil PVBS untuk menggantikan SIPL dari pose terbaik berdasarkan skor ChemPLP maupun berdasarkan nilai Tc-PLIF. SIPL ansambel dihitung dengan memperhitungkan seluruh pose yang mempunyai skor ChemPLP di bawah skor ChemPLP tertentu dan untuk masing-masing bitstring SIPL dihitung persentase interaksi “on”. Penentuan skor ChemPLP tertentu ini dilakukan secara sistematis untuk mendapat skor ChemPLP yang menawarkan nilai F-score dan Matthews correlation coeffi cient (MCC) paling tinggi. Hasil penelitian memperlihatkan nilai F-score dan MCC dari analisis HKSA biner dengan SIPL ansambel hasil PVBS sebagai prediktor bisa mencapai nilai 0,58 dan 0,61 dengan nilai FP mencapai 323,57, jauh lebih baik dari nilai FP protokol referensi.
Kata kunci: penapisan virtual berbasis struktur (PVBS), korelasi kuantitatif struktur-aktivitas (HKSA) biner, sidik jari interaksi protein-ligan (SIPL) ansambel, reseptor kemokine c-x-c tipe 4 (CXCR4)
Penulis: ENADE PERDANA ISTYASTONO, MUHAMMAD RADIFAR
Kode Jurnal: jpfarmasidd170189
